Одним из основных агентов трансформации органического вещества в раннем диагенезе является микробиальная активность. Аэробные микроорганизмы, которые живут в самом верхнем слое осадков, усваивают свободный кислород. Анаэробы, для того чтобы получить необходимый им кислород,, восстанавливают сульфаты. В процессе разложения органического вещества выделяется энергия, само же вещество разлагается до СО, NH и воды. В песках обычно осуществляется полное превращение органики, в илах — частичное. Одновременно фиксируется резкое падение Eh и небольшое повышение рН. Некоторые твердые компоненты осадка, например органогенно-детритусовые формы СаСО и SiO, растворяются, достигают насыщения и пересаждаются вместе с аутигенными минералами, такими, как сульфиды железа, меди, цинка и свинца, сидерит и др.