Для исследования в проходящем сеете используется такой же микроскоп,, что и при изучении шлифов пород или биологических препаратов. Метод, изучения керогена в проходящем свете заимствован от палеонтологических исследований. Применяются концентраты зерен органических частиц, извлеченных из разрушенных осадочных пород после кислотной мацерации или флотации в тяжелых жидкостях. Типы органического вещества идентифицируются па основании степени их прозрачности и формы частиц, а в отдельных случаях — по характеру флуоресценции. Методика изучения в проходящем свете дает великолепные результаты при идентификации текстурных частиц важной мацеральной группы лейптинитов, например водорослевых остатков, спор, пыльцы или кутикулы. «Аморфное» органическое вещество без четких очертаний и определенной формы и но обладающее характерной структурой также хорошо определяется этим методом. Ему свойственна посредственная прозрачность и цвет от желтого до коричневого или темно-коричневого. Этот тип органического вещества часто называют «сапропелевым».